민·관·군 통합항만방어 협정서 체결에 따라 평택항 권역의 해상 방호와 관련, 합동작전부대 및 유관기관간의 원활한 협조체제 구축과 효율적인 합동·연합 ·통합 작전과 대테러 예방 등이 가능해졌다.
항만책임부대인 해군과 해양경찰서가 주로 평택항의 해역 및 항만 시설물 방어 임무를 맡고 평택지방해양수산청, 가스공사 등은 이들 군·경과 함께 협조 체제를 구축, 만일의 사태에 대비하게 된다.
한편 평택항에는 지난 7월부터 전자인식출입증(RFID)이 전 부두에 도입돼 시행되고 있으며 이를 통해 모든 출입 인원 및 차량이 전산등록되는 등 물샐틈 없는 항만 보안 및 신속한 항만 출입이 이뤄지고 있다.