하남 위례성 위치 논쟁과도 맞물렸던 이성산성은 그동안 이 성곽을 처음 쌓은 주체가 삼국 중 어느 나라인지를 비롯해 증·개축 횟수, 시기와 성격 등을 둘러싸고 논란이 분분했다.
이와 관련, 발굴단은 초축(初築)을 포함해 크게 세차례 축조가 있었다는 주장도 있으나 이번 조사 결과 초축성벽과 소위 옥수수 알맹이 모양 성돌을 사용한 2차성벽 등 모두 두 차례에 걸쳐 축조된 것으로 생각된다고 밝혔다.
지난 8차 조사에서 2차 성벽이라고 했던 구조물은 시기를 달리해 축성된 것이 아니라 체성(성벽 몸통)을 보강하기 위해 개·보축한 흔적으로 판단된다는 것.
이번에 확인된 치에서 두 차례의 축조흔적이 확인된다는 점에서 명확하게 드러난다고 발굴단은 지적했다. 성벽이 북쪽으로 돌아가는 구간에서 드러난 치는 장방형으로 잘 다듬은 석재를 이용, 성벽과 맞물려 직각으로 축조하고 있다. 1차 치는 규모가 2×13.2×2m이며 2차 치는 3.43×24.5×5.1m로 측정됐다.
이성산성은 지금까지 발굴 결과 신라 유물·유적을 압도적으로 출토함으로써 신라가 가장 활발하게 이용했다는 데 대해서는 이견이 없는 가운데 처음 성곽을 쌓은 주체가 신라·고구려·백제중 어디인가의 문제로 아직도 논쟁에 휘말려 있다.