인천경제자유구역청(이하 인천경제청)의 특별지방자치단체(이하 특별지자체) 전환을 둘러싸고 재경부와 인천시가 시각차를 극명하게 드러내고 있다.
　재경부는 외자유치 등 경제자유구역을 활성화시키기 위해서는 경제청을 특별지자체로 전환, 자율성과 전문성을 향상시키는 방안이 가장 현실적이고 타당하다는 입장이다.

　이에 따라 조직개편과 관련해 지방자치단체 부시장, 중앙부처 공무원(차관급) 및 민간위원으로 이사회를 구성하고 설립주체의 추천, 이사회의 의결로 경제청장을 선임하는 방안을 구상중이다.
　그러나 인천시는 이에 대해 경제자유구역청장을 중앙정부의 의도된 자로 선임, 정부직속기관화해 중앙정부의 입김에 좌우되는 체제로 이끌어 가겠다는 속셈이라며 반발하고 있다.

　경제자유구역의 인프라 구축과 관련해서도 인천시는 종합행정을 수행하는 인천시만이 효율적으로 추진할 수 있다고 주장한다.
　인천대교, 제2외곽순환고속도로, 제3경인고속도로 등 경제자유구역의 인프라 구축을 위해 추진중인 사업들이 구도심권에서 시행되는 터에 특별지자체가 경제자유구역외 지역인 구도심권의 인프라사업을 추진하는 것은 불가능하다는 논리다.

　또 특별지자체로 전환될 경우 국가예산 지원확대, 고용창출 및 개발이익 등으로 인해 직접적인 최대수혜자는 인천시라는 재경부의 주장에 대해서도 시는 부정적인 입장이다.
　정부의 지원을 확대하겠다는 것은 지방정부의 열악한 투자재원을 빌미로 삼은 선심성 수단에 불과하고, 인천시민에 대한 고용창출과 개발이익을 극대화하는 것도 중앙화한 특별지자체보다 인천시가 추진하는 게 더 효율적이라는 것이다.

　특히 시는 “진정으로 국고지원을 확대하기 위해서는 국고지원비율을 현행 50%에서 100%로 확대하고 국고지원대상을 도로위주에서 벗어나 공원, 상하수도, 정보통신 기반구축 사업 등으로 지원대상을 대폭 확대해야 한다”고 주장하고 있다.

　재경부가 경제청의 저조한 투자유치실적을 들어 특별지자체 전환의 당위성을 내세우고 있는 것에 대해서도 인천시는 “투자유치실적 저조는 국가적 상황의 어려움이지 지방자치단체의 잘못이 아니다”며 반박하고 있다.
　시는 “경제자유구역의 투자유치실적 및 경쟁력이 떨어지는 것은 중앙정부의 외국인 투자정책이나 환경이 외국인의 투자심리를 자극하지 못했기 때문”이라며 “인프라 구축 등 투자여건이 성숙되고 중앙의 투자관련기관과 협조체제를 강화하면 경제자유구역에 대한 투자유치실적은 늘어날 것”이라고 전망했다.

　재경부와 인천시의 동상이몽은 “경제자유구역개발 완성시점인 20년 뒤에 인천시에 반환하겠다”는 재경부의 '환원 의지'에 대해 인천시가 '강산도 바뀌고 정권이 4번 바뀌는 예측 불가능한 먼 미래의 일'이라고 일축하는 데에서도 여실히 드러나고 있다.