김 부총리는 그러나 "교육에 관해 생각하고 고민해온 것들은 해볼 수 있도록 기회와 도움을 달라. 교육정책 방향이 틀리고 일을 잘못하면 호되게 꾸짖어 달라"고 말해 사퇴의사는 없음을 분명히 했다.
김 부총리는 이날 오전 기자간담회를 통해 "아마 최종 보고서 작성 과정에서 실무자의 실수가 있었던 것 같은데 그렇다 하더라도 어쨌든 연구자가 최종 확인했어야 했는데 못한 것은 두말할 것 없는 제 잘못"이라고 말했다.
하지만 김 부총리는 "일부에서 연구비를 더 받기 위한 것 아니냐, 실적 부풀리기 위해서가 아니냐는 의혹을 제기하는데 최종 보고서이기 때문에 연구비를 더 받는 것과는 상관이 없고, 논문 실적은 그 논문이 아니더라도 이미 약속한 실적을 냈기 때문에 일부러 부풀릴 이유는 없었다"고 해명했다.
김 부총리는 "사업결과 보고서를 내도 다 인정되는 것은 아니고 점수를 깎거나 더하는 절차가 있다"며 "그 논문을 넣어도 0.5점인가 올라간다"고 덧붙였다.
김 부총리는 또 "표절 의혹과 관련해서는 개인적으로 부끄러울 것이 없다"며 "여러가지 불편하게 생각하시는 점들이 있지만 그런 부분은 앞으로 짐으로 생각하고 풀어나가도록 하겠다"고 약속했다.
김 부총리는 "교육부 수장으로서 비전이나 사업들을 제대로 내놓기도 전에 여러가지 문제로 인해 염려를 끼쳐드려 송구스럽다"며 "감히 부탁드린다면 저한테 과거가 아닌 미래를 봐줄 것을 간곡히 말씀드린다. 새로운 교육지평을 열려는 간절한 소망이 있는데 도와달라"고 말했다.
그는 동일한 논문을 학술지에 2번 게재한 데 대해서는 "2001년 1월에 한양대에, 그해 12월에 국민대에 논문을 실었다"며 "한양대 지방자치연구소 논문집은 논문 하나 달라고 해서 내게 됐고 국민대 사회과학 논총은 밖에서 발표한 논문을 다시 실을 수 있게돼 있으며 고치고 나니까 제목이 약간 바뀌지 않았을까 싶다"고 해명했다.
김 부총리는 국민대 행정학과 교수로 있던 1999년 동료교수 2명과 함께 팀을 구성해 '지방정부 경영, 행정 진단 및 평가연구인력 양성'을 주제로 BK21사업에 선정돼 2억700만원을 받았다.
그는 이어 8편의 논문 작성 사실을 교육부에 보고했으나 2001년 작성한 '지방자치단체의 개방형 임용에 대한 소고-의의와 도입상의 기본원칙'(한양대 지방자치연구소 학술지)과 '지방자치단체의 개방형 임용제에 관한 연구'(국민대 사회과학 연구소 학술지)가 같은 논문으로 밝혀졌다.