그러나 1971년 최초 지정 이후 여러 차례에 걸쳐 구역 주민들의 생활불편을 해소한다는 목적과 민주화 등 사회여건 변화에 따라 건축행위의 대폭적인 규제 완화가 1997년까지 지속적으로 이루어져 당초 지정 목적이 퇴색되기 시작하였고, 구역 주민과 토지소유자들의 집단적이고 강력한 사유재산권 보장 요구로 정책 추진에 혼동과 갈등을 접하게 된다.
이에 정부에서는 1999년 7월부터 집단취락 등 구역지정의 실효성이 낮은 지역에 대한 해제·조정 가능지를 선정하였으나, 축사 등 동식물 관련시설의 용도변경 지역이 제외되어 관리상 많은 문제점이 야기되고 있다.
산업구조가 농업사회에서 지식정보산업사회로 전환되고, 농산물 개방과 가축사육제한지역의 지정으로 축사 등 동물 관련시설을 당초 허가용도로 사용할 수 없게 되자 구역 주민들은 생계유지 수단으로 물류창고, 공장 등으로 불법 용도변경하여 임대하고 있고, 중앙정부나 해당 지방자치단체에서는 반복적인 이행강제금 부과, 고발 등 '불법→단속'의 악순환만 되풀이하고 있는 실정이다.
이에 구역 주민들을 근본적인 대책 없이 전과자로 전락시키고 있다며 불만이 고조되고 있으나, 일반 국민들은 철저한 보존과 관리 등을 요구하는 등 사회적 갈등요인으로 대두되고 있다.
따라서, 구역 주민과 일반국민 모두에게 이득이 되는 상생발전적 제도개선 등 관리정책의 패러다임 전환이 필요하며, 개발제한구역의 해제·조정이 마무리되는 단계에 있는 지금의 시점에 비추어 볼 때에 시급하게 추진되어야 할 것이다.
경기도에서는 훼손된 그린벨트의 녹지 복원이라는 대원칙 아래 개발제한구역의 합리적인 제도개선을 위한 연구용역을 완료하고, 구역 주민들의 의견 수렴과 언론매체를 통한 이슈화 추진과 제도개선 내용의 법제화 방안을 강구 중에 있으며, 2008년부터 본격적인 제도개선을 추진할 계획이다.
주요 제도개선 내용으로는 첫째, 구역을 훼손지역과 보존지역으로 세분화하여 엄격히 관리함으로써 선별적인 토지이용 기회 제공으로 정비·복원을 도모하고 둘째, 밀집 훼손지역의 불법건축물을 철거 후 주민소득원을 개발하여 지역경제 활성화에 기여함과 동시에 훼손된 녹지 복원을 위한 '특별정비지구 제도'를 도입하며 셋째, 지자체 관리능력 부족에 대처하고, 새로운 관리업무의 체계적, 효율적 추진을 위해 별도의 전담 관리공단(가칭 개발제한구역 관리공단)을 설립하자는 것이다.
기타 제도개선 내용으로는 현재 도로 등 도시기반시설 위주로 추진되고 있는 주민지원사업을 주택 개보수, 학자금 융자 등 주민들이 실질적으로 체감할 수 있는 직접 지원방안 등 다양한 프로그램을 발굴하여 추진할 계획이며, 징수된 부담금 전액이 국가균형발전특별회계로 귀속되는 훼손부담금의 불합리한 배분방식을 징수한 해당 지방자치단체에 50% 귀속되도록 개선해 나갈 계획이다. 또한, 불법 용도변경 건축물에 대하여도 매수 신청을 할 수 있도록 매수 신청범위를 확대하여 매도를 장려함으로써 적극적으로 불법을 해소하고, 공원 등 친환경 시설 등의 설치가 용이하도록 관리계획의 승인권한을 건설교통부장관에서 도지사에게 이양하는 방안 등 개발제한구역 제도의 전면적인 개선을 추진할 계획이다.