1909년 10월 21일 일제 강점기에 경성지방재판소 검사국 '여주구재판소 검사국'으로 문을 연 여주지원은 100년을 역사속에서 공정하고 신속한 재판을 통해 헌법의 수호자 역할을 담당해 왔다.
당시 청사가 없어 이완용, 이항구의 자택에서 개청한 여주구재판소는 여주, 이천, 양평, 음죽, 양지 등 5개 지역을 관할하며 재판과 검찰로서의 법을 집행했다.
1912년 4월 경성지방법원 여주지청 검사분국으로 명칭이 변경된 이후 1932년까지 무려 23년동안 이완용, 이항구의 자택을 청사로 사용했다.
광복 이후 각 법원의 명칭이 바뀌면서 서울지방심리원 여주지원으로 변경, 1947년 여주읍 상리(현 여주교육청 부지)에 목조 청사를 신축, 본격적인 청사시대를 열며 법원의 위상을 갖췄다.
이후 서울지방법원 여주지원 개칭(1948. 6.1), 서울민사지방법원·서울형사지방법원 여주지원으로 명칭이 바뀐 뒤 1970년 여주읍 홍문리 146의1에 지하 1층, 지상 2층 규모의 청사(현 청사)를 신축, 이전했다.
이와 함께 1976년 민사와 형사, 가정법원이 확대된 여주지원은 1979년 9월1일 서울지법 소속의 수원지원이 본원으로 승격되면서 수원지법으로 편입돼 현재에 이르고 있다.
또한 1986년 합의지원으로 승격된 여주지원은 현재 1, 2호 법정과 민사부(1, 2단독), 형사부(1, 2단독), 가사부 합의재판과 소액 가사단독재판부가 공정한 재판을 통해 인권의 마지막 보루 역할을 담당하고 있다.