그런데 동법은 보상에 관한 아무런 규정도 두지 않고 있다. 헌법은 '모든 국민의 재산권은 보장된다'고 하여 재산권을 국민의 기본권으로 보장하고 있다(헌법 제23조 제1항).
여기서 군사시설 보호구역의 설정이 헌법상 기본권 침해에 해당되므로 위헌이지 않느냐 하는 점이 문제이다. 좀 더 구체적으로는 첫째, 군사시설 보호구역 자체의 위헌성 여부가 문제이다. 둘째, 군사시설 보호구역 제도 자체가 합헌이라고 판단되는 경우라도 아무런 보상규정을 두지 않는 것은 위헌이지 않는가 라는 점이다.
첫째 문제에 대하여 종래 군사시설 보호구역내의 토지 소유자들이 위헌심판을 제청한 적이 있는데, 헌법재판소는 군사기지 및 군사시설 보호구역은 합헌이라고 판결한 바 있다.
그러나 일반적인 경우에는 합헌이라 할지라도, 군사기지 및 군사시설 보호구역의 설정으로 당해 토지를 종래의 목적으로 전혀 이용할 수 없게 되는 경우(주로 통제보호구역과 관련하여 발생할 것임)가 문제이다. 아무런 보상도 없이 이를 감수하도록 하는 것은 비례원칙에 위반되어 헌법에 위반될 수 있다.
또한 이 경우에는 보호구역의 지정으로 인하여 구역 내 토지 소유자에게 발생하는 재산권에 대한 제한의 정도가 토지를 종래의 지목과 그 현황에 따라 사용할 수 있는 일반적인 경우와 현저히 상이한데도, 이를 가리지 아니하고 일률적으로 규정하여 구역 내의 모든 토지 소유자에게 아무런 보상 없이 재산권의 제한을 수인해야 할 의무를 부과하므로, 본질적으로 같은 부담은 같게, 다른 부담은 다르게 규율할 것을 요청하는 평등원칙에도 위반될 수 있다.
우리나라의 토지이용규제는 토지이용규제 기본법<별표> 상에 나타나 있다. 토지이용규제를 하는 지역·지구 등(동법 제5조 제1호 관련, 2009.5.8.개정)은 연번1의 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률 제8조의 가축사육 제한구역부터, 연번236의 수목원 조성 및 진흥에 관한 법률 제6조의 2 수목원 조성 예정지 등이 있다.
이중 규제가 심한 지역·지구 지정은 군사시설보호구역, 상수원보호구역, 생태경관 보전지역, 수변구역 등 12개 정도이다. 각 지역·지구는 해당지역내 건축행위, 형질변경, 출입 등의 규제가 있다. 특히 군사시설보호구역에 대한 규제가 강하다. 그러나 다른 토지이용규제는 규제를 행함으로써 이에 대한 주민지원 사업 등을 행하고, 거기에 필요한 재원조달 방안을 마련하고 있다. 그러나 군사기지 및 군사시설 보호구역에는 그러한 것이 없다.
헌법재판소는 1998년 12월 구 도시계획법에 의한 개발제한구역에 보상규정이 없다는 이유로 헌법불합치 결정을 내린바 있다(헌재 1998.12.24, 89헌마214, 90헌마16, 97헌마78(통합)).
헌법재판소의 구 도시계획법 제21조에 대한 헌법불합치 결정은 군사기지 및 군사시설보호법에 특수한 몇가지 규정을 제외하고는 타당하다고 본다. 특히 지목이 '대' 특히 '나대지'인 경우, 건축물의 신축 등이 금지되면 그 토지가 가지는 종래의 목적으로 사용할 수 없다. 뿐만 아니라 더 이상 법적으로 허용된 토지이용의 방법이 없기 때문에 실질적으로 그 토지를 사용·수익할 수 있는 길이 없어진다.
따라서 나대지 소유권자에게 부과된 부담은 사회적 제약의 범위를 넘는 것으로 보아야 할 것이다.
군사기지 및 군사시설보호법 제13조는 '나대지' 소유권자에 대해서 재산권을 제한하는 입법형식의 잘못과 보상입법의 미비로 말미암아 위헌의 소지가 있다. 다만, 위헌결정의 형식을 단순위헌으로 할 것인지, 법적 안정을 위하여 입법개선의 촉구를 구하는 헌법불합치 결정을 하는 것이 바람직한 것인지에 대한 판단은 헌법이론에 맡겨야 할 것이다. 그러나 구 도시계획법에 대한 헌법불합치 결정과 달리 취급할 것은 아니라고 본다.