인천교통공사가 비합리적인 부가세 면제 조항에 대한 법적 대응에 나서 귀추가 주목된다. 현행 조세특례제한법시행령은 자치단체 산하 공기업의 부가세 면제 조항이 있다. 이에따라 기초단체의 지방공사와 지방공단, 광역단체의 지방공단은 지자체의 위탁사업비에 대해 부가세를 면제받는다. 자치단체의 세금으로 공공사업을 수행하는 지방공기업에 대한 세제혜택인 셈이다. 다만 광역단체 지방공사는 부가세 면제 대상에서 열외됐다.

실제로 국세청은 지난 2019년 인천교통공사에 대한 정기세무조사를 실시해 2014년부터 5년간 미납한 부가세 70여억원을 한꺼번에 추징했다. 인천교통공사는 장애인 콜택시, BRT(간선급행버스체계), 청라GRT(유도고속차량) 등을 인천시로부터 위탁받아 운영 중이다. 인천시는 해마다 약 300억원을 보조하는데, 국세청은 인천교통공사의 매출로 보아 부가세를 매긴 것이다. 법정 면제대상이 아니니 세금 징수는 당연하다는 것이다.

다툼의 여지가 충분하다. 지방공단이나 지방공사 모두 지방공기업법에 따라 지자체가 재원을 출연해 설립한 지방공기업이다. 공공의 이익과 복지 실현이 목적이다. 부가세 면제도 지방정부의 업무를 대행해 제공하는 재화와 용역이 공공재이기 때문일 테다. 그런데 유독 광역단체 지방공사만 면세 혜택에서 제외했으니 법 논리의 일관성에 위배된다.

지방재정 운용과 지방정부 공공정책 목적 실현에도 악영향을 미칠 수 있다. 광역단체는 특별한 정책목표 수행을 위해 지방공사에 사업비를 집행할 때마다 부가세를 별도로 계상해야 한다. 부가세 만큼의 재정을 자치단체 주민들에게 분담시켜야 한다는 얘기다. 부가세 만큼 사업을 축소할 수도 있지만 이 때는 실현해야 할 공익의 축소를 감수해야 한다. 추가 재정을 부담하거나, 공익사업을 축소해야 하는 것이다.

인천시가 인천교통공사에 지급하는 사업보조금은 집행 후 잔액은 시에 반납해야 하고 공사는 한 푼의 운영수익도 챙길 수 없다. 그런데도 2020년과 2021년 납부한 부가세가 50여억원에 달한다. 인천시민의 세금을 중앙정부가 세금으로 징수한 셈이다. 인천교통공사는 일단 조세심판원의 판단을 받아본 뒤 법적 대응 방침을 결정한다는 입장이다.하지만 인천시가 이 기회에 다른 광역단체와 함께 광역단체 지방공사 부가세 면제 제외 규정에 대한 문제점을 정부측과 직접 논의하는 것도 방법일 수 있다. 상식적으로 납득하기 힘든 과세 행정 아닌가.