시화쓰레기 매립장내 침출수 방지시설 설치를 둘러싸고 경기도와 경기도내 지자체간의 갈등상황이 전개되고 있다. 감사원은 시화매립장에서 유출되는 침출수 방지시설을 설치토록 안산시에 조치한 바 있다. 그에 따라 안산시는 120억원의 방지시설 설치비용을 매립장 사용분담금 비율에 따라 수원, 안양 등 7개 시·군이 분담하는 방안을 제시하였다. 그러나 이에 대해 관련 지자체는 토지 소유권은 경기도가 행사하는 반면 각 지자체들은 권한행사 없이 분담금만 부담할 뿐이라며 분담금 부담에 회의적인 반응이다. 문제는 이와 같은 자치단체간 분쟁이 계속되는 동안에도 시화쓰레기 매립장에서 배출되는 침출수는 시화호를 더욱 오염시키고 있다는 데 있다.
 5,000억원에 이르는 막대한 예산이 투입되어 조성된 시화호는 주변공단의 공장폐수와 생활하수 및 농축산 폐수로 인하여 공업용수로도 사용할 수 없을 정도로 악화된 수질을 유지하고 있다. 급기야 방조제 갑문을 열어 악화된 수질을 바닷물로 희석시키고 있으며, 하수종말처리장을 증설하여 수질개선노력을 기울이고 있으나 근본적인 해결책은 제시되지 않고 있다. 시화쓰레기 매립장에서 배출되는 침출수의 경우 인과 질소가 최고 286㎎/ℓ과 1,784㎎/ℓ로 나타나고 있다. 이러한 수질은 호소수질환경기준으로 볼 때 5등급인 공업용수에 해당하는 0.150㎎/ℓ과 1.5㎎/ℓ와도 비교할 수 없을 정도의 악화된 수질이다. 결국 한쪽에서는 수질을 개선하기 위해 예산이 투입되고 있으나 한쪽에서는 수질 악화를 가져오는 침출수를 방관하고 있는 셈이다.
 반면 시화호 및 조성된 간척지의 활용에 대해서는 각 행정기관은 목소리를 높이고 있다. 농림부는 농지조성을, 건교부는 산업단지 조성을, 환경부는 폐기물매립장 건설을, 경기도 및 각 지자체는 환경친화적인 해상공원 조성을 주장하고 있다. 시화호 활용을 강조하기 앞서 각 관련기관은 시화호 수질보전을 위한 노력과 책임을 분담하여야 할 것이다. 시화호 관리주체인 수자원공사나 농림부 등 중앙정부기관, 시화매립장 토지 소유권자인 경기도, 그동안 매립장을 사용하고 침출수 배출의 원인을 제공한 각 자치단체 등이 공동의 책임하에 방지시설 설치비용을 분담하는 방식을 마련하여야 한다. 이 과정에서 경기도는 방관자적인 태도보다는 전향적인 자세로 대응하여 하루빨리 합의안을 마련함으로써 시화호 오염을 막아야 할 것이다.