정부가 인천시 등 3개 경제자유구역청의 소속을 중앙정부로 바꾸거나 공사화하는 추진키로 했다고 한다. 이는 경제구역청을 지방정부로 부터 독립시켜 독자적 판단과 계획에 따라 운영하도록 하겠다는 의도로 보인다. 지방정부 소속으로 운영될 경우 자칫 지역색에 휘말려 경제구역청 신설 의도와는 다른 방향으로 운영될 가능성을 차단한다는 의미도 있다. 하지만 당사자인 인천시는 원스톱 통합 행정서비스를 위한 제도개선에는 공감하지만 소속을 바꾸거나 공사로 전환하는 일은 있을 수 없는 일이라며 불만을 드러내고 있다.
　
재정경제부는 지방 정부에 소속된 자유구역청의 법적 위상을 재정립하기로 하고 서울대 행정 대학원에 연구 용역을 발주, 구체적 시행 방안을 마련키로 했다. 재경부는 지방 정부의 업무와 구역청의 업무 분장이 모호한 영역이 많은데다 지자체와의 보직순환 등으로 외국인이나 투자 기관을 담당하는 직원이 수시로 바뀌어 업무 연속성도 떨어진다고 우려하고 있다. 구체적 방안으로는 인천 등 3개 자유구역청을 중앙 정부 소속의 독립 기관으로 만들거나 시·도내의 특별 지방자치단체화, 또는 공사나 공단화 하는 방안이 검토되고 있다. 재경부는 자유구역청을 재경부 산하 또는 대통령 직속 기구로 해 지방 정부로 부터 확실하게 독립시키겠다는 의도를 내비치고 있다. 용역내용은 자유구역청의 조직·인사·사무분장·대민서비스의 문제점, 외국의 성공적인 유사 관리기관의 실태, 최적 모형 도출 등을 중점 연구할 것으로 알져 졌다.
　
이에 대해 인천시는 크게 반발하고 있다. 정부가 경제자유구역청을 직접 통치하려는 의도라며 자체적으로 별도의 용역을 발주하는 방안까지 검토하고 나섰다. 경제자유구역으로 지정되기 전까지 10년 이상 역량을 집중해 왔다는 게 시의 항변이다. 참여정부의 지방분권 실현 정책에도 맞지 않는다는 지적이다.
　
인천시 반발에도 불구, 재경부는 자유구역청의 소속 변경이나 공사화를 계속 추진한다는 입장이다. 재경부는 오는 9월 용역결과가 나오는 즉시 공청회를 열고, 내년 정기국회에 관련 법령 개정안을 제출한다는 구상이다. 하지만 정부의 이같은 구상은 인천시 등 관련 지방자치단체의 반발을 극복해야 하는 과제를 안고 있다. 따라서 정부는 자유구역청의 체질 개선도 좋지만 인천시 등 관련 지자체의 입장을 적극 반영하고 신중하게 추진해야 한다.