중구와 옹진군 일대의 습지 보호지역 지정을 앞두고 인천시와 인천공항공사 등 관계부처간의 의견이 첨예하게 대립되고 있다. 인천시는 현재 임시생태보호지역인 중구 영종, 용유 무의도와 옹진군 영흥도 일대의 개펄 155㎢를 습지보호지역으로 지정키로 방침을 정하고 관련용역을 추진해왔다. 이에 대해 인천공항공사와 건설교통부는 항공안전성 문제를 제기하며 습지보호지역 지정에 반대하고 있다. 습지에 서식하는 새떼들이 항공기의 이착륙시 안전에 큰 위협이 될 수 있다는 것이다. 이같은 환경보전과 항공기 안전운행을 둘러싼 인천시와 공항측의 갈등은 ‘제2연륙교 문제’와 함께 지역사회의 또 다른 과제로 떠오르고 있다.
 
법률적 측면에서 본다면 습지보호지역 지정이 국제민간항공기구(ICAO)의 권고를 직접 위반하는 것이 아니다. 국제민간항공기구가 금지하고 있는 것은 조류보호구역이지 습지보호지역이 아니다. 물론 갯벌의 상태가 급격히 호전되면 보호지역에 서식하거나 기착하는 철새들이 증가할 개연성은 배제할 수 없다. 그러나 습지보호지역 지정은 천혜의 자원인 갯벌의 난개발을 막고 현 상태를 유지하려는 것일 뿐, 철새들의 서식을 유인하는 획기적 변화를 가져오는 것이 아니라는 점이다. 따라서 습지보호지역으로 지정된다 하더라도 인천공항의 조류충돌사고가 사고가 급증할 것이라는 우려는 기우일 가능성이 높다. 최근 3년간 공항별 연평균 조류충돌사고 통계를 보면 김포공항이 17건, 김해공항이 15건, 제주공항이 12건으로 나타난 데 비해 인천공항은 그 절반 수준인 7건에 그치고 있다. 항공기 이착륙 빈도가 훨씬 떨어지는 포항공항의 5건과 비교한다면 인천공항의 조류충돌사고는 이례적으로 낮은 편이다.
 
항공기의 안전운행을 위협하는 요소에 대해 우려하는 것은 당연하다. 그러나 공항 때문에 인천 앞 바다의 환경이 파괴되는 것을 그대로 둘 수만은 없다. 특히 인천 연안의 염생 습지가 러시아와 중국, 동남아, 호주 등을 오가는 철새들의 중간 기착지로 세계적 주목을 받고 있으며 그 자체로 중요한 수산자원이라는 점도 고려해야 한다. 그렇다면 인천공항공사측은 습지보호지역 지정에 반대만 할 게 아니라, 항공안전을 확보하기 위한 종합통제시스템을 개발하여 피해를 최소화하는 한편, 충돌 방지 프로그램을 개발하는 등 근본적인 대책을 모색하는 것이 옳다.