행정수도이전의 위헌결정 이후 여야가 이에 대한 후속조치로 충남 연기·공주에 12개 부처 등 18개 정부기관을 이전키로 합의한 것에 대해 논란이 일고 있다. 국민 전체의 의사는 전혀 고려치 않은 상황에서 정치권이 충청도의 민심을 달래기 위한 조치였다는 비판마저 제기되고 있는 실정이다. 또한 헌재의 위헌결정에 위배되지 않기 위한다는 전제로 통일 외교 국방 등 6개부처를 서울에 남긴다는 것도 석연치 않다는 지적도 나오고 있다.
　
행정의 능률성의 측면에서도 과연 정부부처의 분산이 바람직한 가에 대해서도 문제를 안고 있다. 국정의 중심인 청와대와 행정부처들이 각기 다른 도시에 있다면 정부기능이 효율적이지 못할 것이라는 것에 누구도 이의를 달지 못할 것이다. 오로지 충청지역의 민심만을 고려해 정부부처의 대폭 이전을 다시 추진한다는 것은 여러모로 생각해 보아도 납득이 가지 않는다.
　
경기도로서는 또다른 문제가 있다. 중앙부처의 충남이전이 이뤄진다면 과천시의 미래는 암담해질 수 밖에 없다. 과천정부청사가 몽땅 떠나게 됨으로써 과천시의 앞 날은 현재로서는 불투명한 것이 현실이다. 가뜩이나 기무사나 계룡대가 과천으로 이전된다는 설이 난무했고, 이를 반대하는 과천시민들의 여론에 밀려 수면 아래로 들어간 상태지만 과천정부청사가 떠난다면 언제든지 이같은 이야기가 나올 가능성이 상존하는 것이다. 신행정수도이전을 추진할 당시에도 수도이전에 따른 서울과 수도권의 육성방안이 발표된다는 이야기가 있었지만 지금은 상황이 다르다. 인구 7만의 아담하고도 쾌적한, 그리고 '전국에서 가장 살기 좋다'는 평가를 받아온 과천이 그 이미지를 지속하기 위해서는 과천에 대한 육성방안은 따로 마련해야 한다.
　
마침 행정수도이전 후속대책에 대한 여야 합의에 대해 긍정적인 평가를 내렸던 손학규 경기도지사가 23일 과천시 문제를 언급하고 과천지역에 자체적으로 행정도시나 교육도시를 건설하는 방안을 마련중인 것으로 알려졌다. 손지사는 경제부처가 몰려 있는 과천지역이 공동화되어서는 안된다며 지금과 같이 살기 좋은 도시환경을 그대로 유지해야 한다는 입장에서 이에 대한 대책을 구체적이고 적극적으로 마련해야 할 것이라고 밝히고 있다. 당연한 말이다. 그린벨트관리계획 변경 등의 규제완화는 물론 지역경제 활성화를 위한 상권활성화 대책과 이전부처를 대체할 다양한 과천시의 육성방안 등이 하루빨리 나와야 할 것이다.