그러나 일부 시의회의원은 물론 시민 사이에서 새 청사부지 선정과정 의혹을 제기하고 있다. 의혹을 해소하기 위해서는 교통등 주민들의 편리성을 감안한 장기적인 안목에서 부지선정이 이뤄져야 하며, 이는 반드시 시민합의가 전제돼야 한다는 주장을 하고있다.
이들의 의혹제기는 상당히 일리가 있는 듯하다. 입지선정 과정에서 공정성을 기한다며 지정한 새청사 부지 선정위원의 자격과 공정성의 문제를 지적하고 있다. 해당 부지 인근 지주는 물론 새청사지정에 영향을 줄수 있는 인물은 배제했어야 하나 그러하지 못했고, 공개가 아닌 밀실에서 지정됐다. 이러다 보니 교통에 큰 하자가 발생했다. 지난해 수십억원을 투입, 진입로를 개선했지만 기형적인 교차로로 새청사 착공전인데도 교통혼잡이 더 하다. 청사입주후에는 아에 교통마비상태를 초래할 것이다 등이 주민들의 주장이다.
많은 주민등이 교차로변경과 입지선정과정에서 누가 영향력을 끼쳤는지를 공개해 줄것과 비리가 있었다면 광주시의 장래를 위해 백지상태에서 시민과 충분한 합의를 거쳐 재선정해 줄것을 요구하고 있다. 시관계자들은 시의 장래를 위해 이들의 주장을 충분히 고민하고 정답을 내야 할 것이다.