수도권교통조합 출범 이후 첫 합의로 이뤄진 서울~경기간 광역버스 노선 조정에 대해 서울시가 합의를 뒤엎고 수용 거부 의사를 밝힌 것(경인일보 2006년 5월 26일자 2면 보도)과 관련, 건설교통부가 조정에 나선 결과 23%가 인용 결정됐다. 25일 경기도에 따르면 건교부는 최근 도에서 타 시·도와 협의시 부동의된 여객자동차 운송사업계획 47건의 조정 요청을 신청한 것에 대해 노선조정위원회를 열고 11건을 인용하고, 36건을 기각했다.

도가 요청한 여객자동차 운송사업계획 47건은 수도권교통조합에서 합의한 8건을 비롯해 충남, 전남·북, 경북 등이 노선 변경 및 증차 등에 대해 협의를 부동의한 내용들이다.

건교부에서 인용한 노선을 보면 경기고속에서 운행하는 '다-6번'의 인천~광양 시외버스 노선이 현행 하루 3회 운행에서 6회 운행으로 늘어나고, '다 1-1-97번' 남양주~송탄간, '다 2-9-75번' 송탄~서산간 2개 노선이 하나로 통합돼 남양주~서산간 하루 2회 운행된다.

또 대원고속의 '다 3-39-33번'의 고양~군산간 시외버스도 하루 3회에서 5회로 운행 횟수가 늘어나고, '다 6-5-5번' 구의TR~포항간 노선이 하루 6회 운행되던 것이 4회로 줄어드는 대신 고양~포항 노선이 신설돼 하루 2회 운행된다.