하지만 이번 시행령에 대해 경기도내에서는 사실상 '불복종 운동'이 벌어지고 있다. 시행령을 두고 교과부와 교육청이 갈등하는 이유는 바로 학생인권조례와 관련된 문제다. 도교육청은 전국 최초로 학생인권조례를 만들어 시행중인데 시행령 주요 내용이 조례와 충돌해 조례 사문화가 불가피해진 것. 교과부는 학생인권조례 내용 중 두발 제한·소지품 검사·휴대전화 소지 제한 등을 하지 못하도록 규정하고 있는 것이 이번 시행령상 단위학교에 자율권을 제한하는 행위라며 조례의 효력 상실을 강조하고 있다. 이제부터는 조례에 개의치 말고 학교 스스로가 두발 제한 등 학교만의 학칙을 스스로 만들어 나가라는 숨은 뜻도 담겨 있다.
반면 도교육청은 이 같은 교과부의 방침이 진보교육감의 발목을 잡는 조례 무력화 시도일 뿐 아니라 학생인권을 퇴행시키는 조치라며 강하게 반발하는 등 일선학교에 조례의 지속적인 적용을 강조하고 있다. 시행령이 조례를 제한할 법적 근거도 없다는 게 도교육청 입장이기도 하다.
양측 싸움에 샌드위치 신세가 된 것은 일선학교다. 교육정책 실권을 쥔 양측이 갈등을 빚다 보니, 어느 한쪽의 입장도 수용하지 못한 채 혼선을 빚고 있다. '학생의 인권', '개별 학교의 자율' 강조라는 양측의 근거가 같은 만큼 조율이 가능할 만도 하지만 '진보'와 '보수'의 힘겨루기 때문에 평행선만 달리고 있다는 분석도 나온다. 학칙 문제로 싸우는 양측이 혹시 학칙의 주체가 학교와 학생임을 잊지 않았는지 의심스럽다.